現代社会は食物繊維の摂取量の減少、抗菌剤の使用などにより、腸内細菌叢が不健康に傾きがちである。大腸において食物繊維等による細菌発酵によって生成される腸内細菌代謝産物、短鎖脂肪酸（SCFA）（酢酸、プロピオン酸、酪酸）が、脳機能に直接的または間接的に影響している。SCFAは、うつ病の病態生理学に関係する炎症、神経新生 、トリプトファン代謝、セロトニン等の神経伝達物質産生、視床下部-下垂体-副腎（HPA）軸、免疫等のメカニズムに深く関与している。また、SCFAは、タイトジャンクションタンパク質の発現を制御し腸管粘膜バリア機能にも影響する。腸内細菌-腸-脳相関によるうつ病メカニズムの解明は、腸内細菌叢の操作とSCFAの投与が疾患の治療標的として着目されており、この腸内細菌叢をコントロールするのは、毎日摂取する食物なのである。